Usložnjavanjem sigurnosne situacije na ovim prostorima i početkom pobune dijela srpskog pučanstva, a kasnije i otvorenom agresijom JNA na Republiku Hrvatsku, koji je eskalirao nakon napada na policiju u Borovu Selu, gdje živote gubi dvanaest policajaca radi bolje i lakše organizacije ovih prostora, dolazi do ustrojavanja tri policijske uprave (Vukovar, Vinkovci i Županja).
U tim teškim, ali povjesno značajnim danima policija je prva stala na branik Domovine, krenuvši skoro goloruka i slabo naoružana u Domovinski rat i hrabrom se borbom protiv brojčano nadmoćnog i tehnički superiornog neprijatelja s ostalim braniteljima vinula u povijest.
Tijekom Domovinskog rata, naši pripadnici uzeli su učešće u svim bitkama na cijelom prostoru Republike Hrvatske i tako dali svoj doprinos u konačnoj pobjedi, do koje se došlo kroz herojsku obranu Vukovara, a i ostalih mjesta na području naše policijske uprave, te nadalje kroz vojno-redarstvene akcije “Maslenica”, “Bljesak”, “Oluja”, i dr.
Tijekom Domovinskog rata poginulo je 88 djelatnika Policijske uprave vukovarsko-srijemske, i 13 ih je nestalo a 211 ih je ranjeno. Svake godine policijska uprava s pijetetom obilježava godišnjice pogibije policajaca u obrani suvereniteta Republike Hrvatske, a organizira i «Memorijal dvanaest redarstvenika» koji se pod pokroviteljstvom MUP-a RH-a i Vukovarsko-srijemske županije održava kao spomen na tragičan događaj i smrt redarstvenika PU Vinkovci u Borovu Selu 2. svibnja 1991. godine.
Završetkom borbenih djelovanja i potpisivanjem Erdutskog sporazuma 1995. godine, policija je polovinom 1996. prva ušla na okupirani dio hrvatskog Podunavlja (cijelo područje bivše PU Vukovar i sjeveroistočni dio bivše PU Vinkovci – oko 46,1% površine županije) i podnijela najveći teret mirne reintegracije hrvatskog Podunavlja u ustavno-pravni poredak Republike Hrvatske, koja konačno završava 15. siječnja 1998. godine.